Vào khoảng thế kỷ XII, vương quốc Bunyoro được thành lập và trở nên hùng mạnh, gồm phần lớn lãnh thổ Uganda hiện nay. Từ thế kỷ XVIII, vương quốc Buganda thoát khỏi quyền giám hộ của vương quốc Bunyoro và thống trị cả các nước láng giềng.

Vào giữa thế kỷ XIX, người châu Âu bắt đầu thám hiểm vùng lãnh thổ này, Uganda trở thành xứ bảo hộ của Anh từ năm 1894. Thực dân Anh phát triển các đồn điền cà phê và bông vải. Từ năm 1920, việc độc canh cây bông vải làm rối loạn cơ cấu kinh tế. Từ năm 1952, Quốc vương Mutesa II chống lại sự cai trị của thực dân. Các đảng phái dần dần hình thành. Năm 1961, ba đảng chính tham gia một cuộc hội nghị nhằm soạn thảo hiến pháp.

Uganda giành độc lập năm 1962. Quốc vương Edward Mutesa của Buganda được bầu làm Tổng thống, và Milton Obote làm Thủ tướng. Với sự giúp đỡ của một sĩ quan quân đội trẻ, Đại tá Idi Amin, Thủ tướng Obote giành quyền kiểm soát Chính phủ từ năm 1966. Obote bị lật đổ sau cuộc đảo chính quân sự, đất nước rơi vào chế độ cai trị độc tài và khát máu của Idi Amin, rồi chính Amin cũng bị lật dổ do sự can thiệp của quân đội Tanzania năm 1979. Đất nước rơi vào tình trạng vô tổ chức về mặt chính trị, kinh tế bị tàn phá, nạn cướp bóc gia tăng do không ai kiểm soát các phần tử quân sự.

Năm 1980, Obote trở lại cầm quyền nhưng chế độ này cũng trở nên độc tài không kém gì chế độ trước, kinh tế đất nước hầu như bị tê liệt. Obote bị Tướng Basilio Ikello lật đổ năm 1985: Năm 1986, Yoweri Museveni, nhà lãnh đạo tổ chức Quân đội kháng chiến Quốc gia, lên cầm quyền sau cuộc đảo chính. Cuộc nội chiến đã làm cho khoảng 800.000 người chết. Hiến pháp mới được thông qua năm 1995 và Musseveni đắc cử Tổng thống năm 1996.

Uganda tiến hành một chiến dịch quy mô chống lại bệnh AIDS, giảm thiểu được tỉ lệ nhiễm HIV thông qua chương trình y tế công cộng, giáo dục và truyền bá thông tin. Tháng 9 năm 2002, Uganda ký hiệp ước hòa bình với Congo. Suốt năm 2002, Uganda vẫn tiếp tục cuộc chiến kéo dài 15 năm nhằm chống lại phiến quân cực đoan đặt cơ sở tại Sudan.

Ngày 29 tháng 7 năm 2005, một cuộc chưng cầu dân ý với 47% dân số tham gia và 92% số phiếu ủng hộ đã cho phép thay đổi Hiến pháp, theo đó nước này sẽ chấp nhận chế độ đa đảng. Vào cuối tháng 1 năm 2006, những cuộc bầu cử lập pháp và Tổng thống đã diễn ra. Ông Yoweri Kaguta Museveni đã tái đắc cử với số phiếu ủng hộ là 59% so với 37% của đối thủ chính, ông Kizza Besigye.